Restaurer les continuités écologiques, c’est rétablir des liens entre les différents écosystèmes aquatiques mais également avec les milieux alluviaux et terrestres et ainsi favoriser l'expression de la biodiversité. C'est également préserver l'équilibre du fonctionnement des cours d'eau en rétablissant le transport sédimentaire d'amont en aval.

Pour la grande majorité des espèces aquatiques, les lieux de reproduction, d'alimentation et de croissance ne sont pas les mêmes. Elles doivent donc pouvoir se déplacer librement entre ces différents habitats pour accomplir leur cycle biologique sur des linéaires plus ou moins importants. Certaines espèces, appelées amphibiotiques (comme l'anguille ou l'alose), parcourent parfois plusieurs milliers de kilomètres entre le milieu marin et nos cours d'eau.

Les ouvrages hydrauliques transversaux (seuils, barrages par exemple) perturbent ces mouvements migratoires avec plus ou moins d'importance selon leurs dimensions, leurs emplacements et l’effet cumulé par leur nombre pour les espèces qui y vivent, comme pour le fonctionnement du cours d’eau.