Le Frayol fait l'objet d'un programme de restauration de son Espace de Bon Fonctionnement sur 12 sites, soit environ 15% de son linéaire total et une superficie estimative de 3 hectares. L'EBF d'un cours d’eau correspond à l'espace indispensable à la bonne réalisation des ses différentes fonctions naturelles (diversité et qualité des habitats, qualité et quantité de la ressource en eau, dissipation de l’énergie de crue, transit sédimentaire, recharge nappe/rivière, etc.). L’objectif est de préserver ou restaurer l’espace le plus large possible pour laisser le libre fonctionnement de la rivière tout en maintenant les usages actuels. En effet, le Frayol présente sur un linéaire important un chenal unique, rectiligne et enfoncé de 1 à 2,5 mètres de hauteur. En outre, sur 23,5% de son linéaire, le déficit sédimentaire est tel que le lit du Frayol à atteint le substratum marneux. Ces évolutions morphologiques engendrent une forte dégradation de son état de conservation (absence de milieux annexes, de plantes semi-aquatiques, faible capacité d’autoépuration dégradant la qualité de l’eau, aggravation de l’onde de crue sur les secteurs aval, etc.). A titre d'exemple, le Barbeau méridional, espèce piscicole patrimoniale et endémique des rivières du Coiron au Rhône, a disparu alors qu'il était encore présent sur Aubignas en 2022.
 

_{Tronçon rectiligne avec un lit mineur de 4 mètres de largeur, fortement incisé (hauteur = 2 mètres) associé à une exhumation du substratum marneux et une présence d’obstacles naturels (chutes, faiblesse de la hauteur de la lame d’eau) contraignant la continuité piscicole}

 

Après travaux
_{Évolution naturelle progressive post travaux vers de multiples petits chenaux, conditions édaphiques favorables à l’implantation d’espèces pionnières et d’hélophytes. Réduction de la section mouillée en période d’étiage}