Depuis 2018, la compétence GEstion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations (GEMAPI) est devenue obligatoire pour les intercommunalités afin de coordonner l'entretien et l'aménagement des cours d'eau de manière plus globale. Les intercommunalités, membres du SMCR, lui ont ainsi délégué la compétence GEstion des Milieux Aquatiques (GEMA) et ont conservé la compétence Prévention des Inondations (PI). Le SMCR travaille en collaboration avec ces services des intercommunalités, notamment sur des thématiques liées au risque inondation telles que la gestion de la végétation et la gestion post-crue des ouvrages (embâclement, accumulation de sédiments au droit des ouvrages de franchissement, etc.).
Le SMCR a ainsi pour mission de coordonner et de réaliser des actions en faveur de la protection des milieux aquatiques et de la gestion des rivières, au sein de son territoire et dans le respect de l'intérêt général.